3月3日，
台湾岛内暴发首宗H5N2高致病性禽流感，并在彰化养鸡场紧急扑杀5.3万余只鸡，并通报世界动物卫生组织(OIE)。农业部门初估产值损失逾6亿元新台币。
在台湾农业部门3日上午举行临时记者会上，宣布在彰化、台南检出H5N2高致病性禽流感，这是台湾**检测出该病毒感染家禽，并已分别扑杀了5.3万只蛋鸡及4500只肉鸡。防检局初步评估，此鸡场约产3万颗鸡蛋，已按照OIE规定“消毒”，同时强调H5N2禽流感不管是高病原还是低病原，国际上都认定为禽病，不会传染给人，民众不用过于恐慌。
台湾农业部门表示，台湾包括禽肉、禽蛋及宠物鸟在内，即日起暂停外销美国、加拿大等地区，等3个月观察期确认疫情解除后，才可再恢复外销，预估出口产值损失至少6亿元新台币。
3月８日，
台湾彰化县因鸡只死亡率太高，连夜对一鸡场剩余的７０００多只蛋鸡实施扑杀作业，以阻止可能的禽流感疫情。这家鸡场原有１．３万多只蛋鸡，但半月来不断出现死亡。
据台湾媒体报道，目前虽未确认这些蛋鸡死亡与Ｈ５Ｎ２禽流感有关，但因彰化县先前已有两处鸡场传出疫情，而这处鸡场鸡只死亡率太高，防疫部门决定先行扑杀。
报道说，因鸡场场主对先前的死亡鸡只流向语焉不详，有关部门已展开追查，并将对其未通报鸡只异常死亡进行处罚。
3月12日
据台湾“中央社”报道，台行政机构农业部门动植物防疫检疫单位官员被控疑隐匿禽流感疫情，台北地检署已查阅相关资料，并陆续传讯证人厘清案情，最快本周传唤前防检单位主管许天来、前农业部门负责人陈武雄说明。
由于农业部门家畜卫生试验所疫学研究组曾针对这波疫情在2月1日、3月1日召开专家会议，日前还有“立委”公布会议录音记录，录音档中有许天来提到“要等老板下台”等说词，遭外界质疑农业部门涉嫌隐匿疫情。
承办检察官已向家试所调取两场会议录音资料勘验，并比对会议纪录，也于日前以证人身份传唤家试所疫学组1名女组长及1名女研究员，厘清防检单位经手相关检验文件情形。
检察官日前除已到防检单位调阅H5N2通报处理流程等资料，并就相关问题以证人身份咨询副主管黄国青、动物防疫组长邱垂章，厘清通报过程及专家会议的讨论事项。
检方正追查家试所在验出H5N2禽流感后，黄国青向世界动物卫生组织提报有禽流感疫情前，有多少人经手相关检验文件，资料是否有遭人窜改或谎报，及是否有高层官员施压等情状，为进一步了解会议录音内容含意等案情关键，最快在本周传唤许天来、陈武雄说明，厘清真相。
