肠道中致病微生物的存在不足以引起疾病。 一旦病原体(“敌人”)冲破了肠道防线(堡垒墙和防御结构)，疾病就会发生。至少有16种不同的病原体，包括细菌、病毒和寄生虫，可引起原发性肠道疾病。
万亿级的微生物生活在肠道中，形成一个复杂的生态系统，除了影响宿主健康外，还能影响肠内外的免疫系统。当猪的肠道中这种共生的微生物群落受到干扰时，就会出现生态失衡或者菌群紊乱，这意味着有益的微生物群和潜在的致病生物之间存在不平衡或不适应。因此，这种失衡使得病原体更容易损伤肠道结构和功能。
任何日粮变化都会导致微生物群落的变化。但如果慢慢改变日粮，那么肠道就有能力调节微生物群落，以适应变化。健康的微生物群可以承受日粮一定的变化; 然而，仔猪的肠胃及其微生物群落仍在发育，这使得其适应性****，导致生态失调和疾病的发生。 益生原、益生菌和甘露聚寡糖可以帮助肠道适应变化以减少失衡。
通常，病毒病原体通过摧毁宿主肠道中的薄弱防御系统的一部分，为细菌病原体铺平道路。 良好的内外部生物**和疫苗接种计划对于尽量减少病毒的影响至关重要。球虫病是一种小肠寄生虫病，可在肠细胞壁上复制，导致仔猪腹泻的发生。这种寄生虫也**了“堡垒”对细菌的防御力。大多数国家并不关心抗球虫剂在养猪生产中的使用，希望学术界和行业内有更多的使用球虫抑制剂来保护肠道结构的评估工作。产房需要高水平的卫生，以尽量减少仔猪暴露于球虫之中。